Guðni fæddist 22. júlí 1901 á Gamla-Hrauni á Eyrarbakka, einn 17 barna Jóns Guðmundssonar, f. 17.9. 1856, d. 8.9. 1941 í Vestmannaeyjum, bónda og formanns þar, og síðari konu hans, Ingibjargar Gíslínu Jónsdóttur frá Miðhúsum í Sandvíkurhr., Árn., f. 1.9. 1867, d. 2.4. 1937 í Vestmannaeyjum.

Faðir hans veiktist og fór Guðni tveggja vikna gamall með móður sinni að Leirubakka í Landsveit. Foreldrum hans tókst að setja saman bú að nýju, en Guðni dvaldi áfram á Leirubakka og ólst þar upp.

Guðni varð stúdent frá MR 1924 og mag. art. í íslenskum fræðum frá Háskóla Íslands 1930. Hann var um tíma við nám í Kaupmannahöfn 1928 og aftur 1937.

Hann var kennari við Gagnfræðaskóla Reykvíkinga 1928-1945 og skólastjóri við sama skóla 1945-1957. Prófessor í sögu Íslands við Háskóla Íslands var hann 1958-1967, þar til hann lét af störfum vegna veikinda. Hann var forseti heimspekideildar HÍ 1959-1961. Hann varð doktor frá Háskóla Íslands 1953, en doktorsritgerð hans, Bólstaðir og bændur í Stokkseyrarhreppi, varð brautryðjandaverk í íslenskri staðháttasögu.

Guðni tók mikinn þátt í félagsstörfum, var forseti Sögufélagsins 1960-65, formaður Ættfræðifélagsins 1946-67 og sat í stjórn Hins ísl. þjóðvinafélags 1943-56. Hann var höfundur fjölmargra sagnfræðirita og stofnaði til stórútgáfu íslenskra fornrita 1946 og sá hann sjálfur um útgáfu 32 binda af þeim. Meðal ættfræðirita hans er Bergsætt.

Fyrri kona Guðna var Jónína Pálsdóttir, f. 4.4. 1906, d. 2.10. 1936, húsfreyja í Reykjavík. Börn þeirra: Gerður, Jón, Bjarni, Þóra og Margrét. Síðari kona hans var Sigríður Hjördís Einarsdóttir, f. 28.8. 1910, d. 18.7. 1979, húsfreyja í Reykjavík. Börn þeirra: Einar, Bergur, Jónína Margrét og Elín. Tveir sona Guðna, Jón og Bjarni, urðu einnig prófessorar við Háskóla Íslands.

Guðni Jónsson lést 4. mars 1974.

Morgunblaðið föstudagurinn 22. júlí 2016.